IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

Génolevures

Ressources pour la génomique comparative de levures hémiascomycetes

http://cbi.labri.fr/AciGenolevures

Coordinateur

David J. Sherman

Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique

Equipes partenaires :

Responsable équipe 1



Pascal Durrens



Centre de Bioinformatique de Bordeaux

Responsable équipe 2

Jean-Luc Souciet

GEM Strasbourg (GDR Génolevures)

Responsable équipe 3

Bernard Dujon

Pasteur (GDR Génolevures)

Responsable équipe 4

Claude Gaillardin

INA-PG (GDR Génolevures)

Responsable équipe 5

Patrick Wincker

Génoscope - CNS

 

Objectifs initiaux

Avec leurs génomes petits et compacts, les levures offrent une opportunité unique pour l'exploration de l'évolution des génomes eucaryotes par l'analyse comparative de plusieurs espèces. Génolevures est un projet de génomique comparative à grande échelle entre l'espèce de référence Saccharomyces cerevisiae et 14 autres levures de la classe des Hémiascomycètes. Grâce à un réseau de 10 laboratoires français et un GDR du CNRS, Génolevures séquence et annote des génomes complets, et effectue des études spécifiques qui permettent de mieux comprendre les mécanismes de l'évolution moleculaire chez les eucaryotes.

La mission bio-informatique du consortium Génolevures est d'assurer la mise à disposition de données et d'outils pour faciliter l'étude de la génomique comparative des levures. À l'heure actuelle, quatre séquences génomique complètes recemment determinées rejoignent les séquences partielles de treize espèces analysées par une stratégie aléatoire, ainsi que les annotations expertes associées. Les données sont présentées avec un centrage sur les relations entre gènes et génomes : conservation de gènes et de familles de gènes, spéciation, réorganisatio chromosomique et syténie. L'ensemble de ces ressources est proposé à la communauté internationale, à travers le site http://cbi.labri.fr/Genolevures maintenu à l'Université Bordeaux 1. Sa vocation est de faire référence dans le domaine et dans les seuls mois de juillet-août de cette année il a été exploité régulièrement par plus de cent centres académiques dans le monde. Le site Génolevures est référencé au MIPS et à SGD et par sa spécificité reste complémentaire à ces ressources géneralistes. Génolevures est aussi une communauté active de chercheurs et le site comporte un espace communautaire pour la mise en valeur d'études réalisées dans les laboraoires du consortium et par des collaborateurs internationaux.

Le projet IMPbio que nous proposons a pour but le développement de nouvelles ressources pour la génomique comparative et la maintenance de services déjà mis en place. Il s'agit d'exploiter au mieux les données fournies par les biologistes et par d'autres sites, afin de réaliser plus efficacement nos objectifs scientifiques d'exploration comparée multi-critères des génomes. La maintenance des services existants concerne principalement la mise en place de nouvelles procédures pour assurer l'intégrité et la cohérences des annotations, facè à l'évolution rapide des connaissances scientifiques et parallèlement des banques de données externes. Un financement propre pour la bio-informatique nous permmetra également de réaliser des études et outils nouveaux, notamment des outils d'exploration de l'espace multi-dimensionale des relations entre gènes.

Le consortium Génolevures est coordonnée par J.L.Souciet et est composé de laboratories de l'Institut Pasteur (Paris), de l'INA-PG (Paris-Grignon), des Universities Bordeaux 1 et 2, Claude Bernard (Lyon), Paris-Sud (Orsay), Pierre et Marie Curie (Paris 6), et Louis Pasteur (Strasbourg), l'Institut Curie (Paris), le Génoscope (Evry) et le Génopole Pasteur-Ile-de-France (Paris). La mission bio-informatique du consortium est coordonnée par D.Sherman du LaBRI (Bordeaux 1) et P.Durrens du CBiB (Bordeaux 2).

 

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