IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

BlastSets


Méthode et outil pour l’intégration et l’exploitation des données de Génomique Fonctionnelle

http://cbi.labri.fr/BlastSets/index.html

 

 

Coordinateur

Antoine Daruvar

Centre de Bioinformatique de Bordeaux, Université Bordeaux 2

Equipes partenaires :

Responsable équipe 1



Isabelle Dutour



Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique, CNRS - ENSEIRB - Université Bordeaux 1

Responsable équipe 2

Jérome Poix

Laboratoire Statistique Mathématique et Applications, Université Bordeaux 2

Responsable équipe 3

Antoine Danchin

Unité de Génétique des génomes bactériens, Institut Pasteur

Responsable équipe 4

Alain Blanchard

UMR de Génomique Développement Pouvoir Pathogène - GDPP, INRA U. Bordeaux 2

 

 

 

poster

Objectifs initiaux

La connaissance des génomes complets d'un nombre croissant d'organismes et l'accumulation de résultats expérimentaux produits par des approches post-séquençage à l'échelle cellulaire et à haut débit doivent permettre de mieux comprendre l'articulation entre les mécanismes moléculaires et les fonctions cellulaires. C'est l'intégration de données à la fois volumineuses et hétérogènes qui permettra de progresser vers une meilleure connaissance du fonctionnement de la cellule. Cette intégration est l'enjeu scientifique et technologique qui est au coeur de notre projet.

Nous proposons le développement d'une nouvelle méthode qui permet de rapprocher dynamiquement les informations hétérogènes disponibles à l'échelle des génomes (ou protéomes) entiers. Il s'agit d'un mode d'intégration des données qui vise à faire apparaître et à exploiter des correspondances nouvelles entre des informations variées.

Notre projet consiste à spécifier, concevoir, produire et valider un système informatique. Ce travail fait appel à des compétences dans différentes disciplines : mathématique, informatique et biologie.

Les résultats attendus sont :

  • le système lui-même qui sera rendu accessible à la communauté scientifique à travers un accès distant et/ou une distribution,
  • une ou des publications relatives à la conception du système,
  • une ou des publications relatives aux résultats biologiques que le système aura permis de produire à travers les activités de validation.









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