IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

Protéomique & MS/MBD --- Analyse des protéomes par MALD-LI-TOF MS/MB

Utilisation de cartes peptidiques bidimensionnelles, dipolaire et massique, pour la caractérisation à haut débit de protéomes fonctionnels

http://lasim.univ-lyon1.fr/recherche/deba/Proteomique_&_MS_MBD.html


Coordinateur

Equipes partenaires :


Philippe Dugourd


Laboratoire de Spectrométrie Ionique et Moléculaire (UMR CNRS 5579)


Responsable équipe


Michel Rossignol


rossignol@ensam.inra.fr Laboratoire de Protéomique (UR 1199 INRA)

 

Objectifs initiaux

Un défi majeur posé par l'après-séquençage des génomes est l'identification massive des protéines exprimées dans un contexte donné, ou protéome. Toutefois, aucune méthode ou instrument n’est capable à l’heure actuelle d’identifier et de quantifier en une seule étape les composants d’un échantillon complexe de protéines. Toutes les approches proposées, qu’elles soient couplées ou non à des méthodes séparatives, n'exploitent que la seule mesure de masse pour l'identification des protéines. Une approche alternative et complémentaire à la masse, utilisant d’autres propriétés physiques des protéines permettrait une levée de verrous méthodologiques limitant les techniques usuelles de spectrométrie de masse.

Le dipôle électrique d’un peptide, à côté de sa masse, constitue une autre caractéristique physique discriminante, qui dépend fortement de sa composition et de sa conformation. Des mesures au sein d'une expérience unique donnant simultanément les informations de masse et de moment dipolaire, sont ainsi à même de définir une double signature des mélanges de peptides.

L'objectif général de ce projet est de développer une technique permettant l'identification univoque à haut débit des protéines, à partir de cartes peptidiques bidimensionnelles, dipolaire et massique, que les protéines contiennent ou non des peptides habituellement contre-sélectionnés comme les peptides hydrophobes ou phosphorylés.

Plusieurs objectifs particuliers sont associés à ce projet :

- la constitution d’une banque de données de cartes peptidiques dipolaire et massique et des outils bioinformatiques nécessaires à son interrogation,

- l'établissement de relations entre la séquence d’un peptide et son moment dipolaire,

- l'évaluation du gain d'identification par rapport aux techniques MALDI-TOF usuelles et des perspectives ouvertes en termes d'analyse directe de mélanges complexes.






Erreur SQL !
SELECT * from tbl_user WHERE pseudo = 'Philippe Dugourd';
Access denied for user 'www-data'@'localhost' (using password: NO)