IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

A.B.C.I.S.

Serveur en biologie structural

http://abcis.cbs.cnrs.fr/


Coordinateur


Marc-André Delsuc


Centre de Biochimie Structurale Montpellier

 

Objectifs initiaux

Le Centre de Biochimie Structurale de Montpellier (CBS) présente une forte compétence dans les domaines de la biophysique, de la biologie structurale et de la bioinformatique.

En plus de sa recherche propre, le CBS présente une activité de service dans ces domaines, dans la vocation de son statut de plateforme RIO de biologie structurale.

Pour la bioinformatique, le CBS héberge depuis quelque temps plusieurs services en biologie structurale de visibilité internationale :

- BioServ : Bioinformatics Tools Server (http://bioserv.cbs.cnrs.fr): qui héberge de nombreux outils permettant la modélisation 3D à partir de la structure primaire de la protéine.

- Tito : multi-alignement alignement guidé par la structure

- Eval123D : évaluation de modèles 3D de protéines

- meta serveur (atome) : serveur automatique, utilisant en particulier les outils ci-dessus, produisant des structures 3D possibles à partir de la séquence primaire

- une base donnée, dépôt de données RMN : NMRb (http://nmrb.cbs.cnrs.fr)

- Rescue : un service de prédiction d'attribution de spectre RMN.

- Une base de donnée de référence sur la famille structurale des knottins (http://knottin.cbs.cnrs.fr)

- The Protein Analysis Toolkit (http://pat.cbs.cnrs.fr)

Ces services sont déjà en place, et sont largement reconnus utilisés par la communauté internationale (on peu citer la place du serveur "atome" dans les 10 premiers du CASP-5; et le lien entre la base de données BMRB (dépôt de données RMN interprétées) et NMRb).

De nouveaux services sont actuellement en développement, ou sur le point d'être ouverts :

- DOMO-2, version améliorée et mise à jour de la base de domaines protéiques alignés DOMO, actuellement hébergée à infobiogen. DOMO-2 fait l'objet d'une demande spécifique à IMPbio.

- Attribution automatiques des spectre RMN : est un projet interdisciplinaire, incluant des mathématiciens, des RMNistes et des biologistes, dans le but de développer une approche automatique de l'analyse des spectres de RMN de protéines. Ce projet s'appuie sur la base de donnée NMRb et sur le service Rescue

- Remplacement moléculaire automatique : il s'agit de proposer un outil d'analyse automatique de données expérimentales (RMN, RX, FRET, etc...) pour construire des structures compatibles avec ces données et allant jusqu'à la détermination automatique complète de la structure. Ce projet s'appuie sur l'interconnection des différents outils présents au CBS.

L'ensemble de ces services est mis en place sur le serveur du CBS grâce à un fort engagement du personnel du laboratoire (chercheurs et ingénieurs), et avec les moyens informatiques propres du laboratoire, payés en partie par l'action infobiosud (Université Montpellier I) et sur les crédits propres du laboratoire.

Le projet présente un plan coordonné de mise à niveau du serveur bioinformatique du CBS, permettant l'amélioration des services actuellement proposés (affinement des structures 3D produites), la sécurisation des base de données hébergées (la base de dépôt NMRb) et le déploiement des nouveaux services.





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