IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

"Modeless Replacement"

Remplacement Moléculaire sans Modèle Atomique de Haute Qualité

http://afmb.cnrs-mrs.fr/aci_bio/index.html

 Coordinateur          

Alain Roussel

Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB), Marseille

Equipes partenaires :

Responsable équipe 1



Jorge Navaza



Virologie Moleculaire et Structurale (VMS), Gif sur Yvette

Responsable équipe 2

Alexandre Ourjoumtsev

Laboratoire de Cristallographie et de Modélisation de Matériaux Minéraux et Biologiques (LCM3B), Nancy

Responsable équipe 3

Marc Delarue

Laboratoire de Biologie Structurale et Agents Infectieux, Institut Pasteur, Paris

Responsable équipe 4

Philippe Dumas

Groupe de cristallographie, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC), Strasbourg

Responsable équipe 5

Thierry Prangé

Laboratoire de Cristallographie et RMN Biologiques, Paris

 

Objectifs initiaux

Le Remplacement Moléculaire (RM) est une des deux méthodes utilisées pour résoudre la structure des macromolécules biologiques. L’avantage du RM sur l’autre méthode, MAD, est que le RM a besoin d’un seul jeu des données de diffraction des rayons X par des cristaux natifs de la macromolécule concernée et est donc beaucoup plus simple au niveau expérimental. Par contre, cette méthode a besoin d’un modèle atomique assez complet et précis d’une molécule homologue.

Durant ces dernières années, de grandes améliorations ont été apportées aux algorithmes du RM, en particulier grâce aux travaux de chercheurs français. Néanmoins, l’absence de modèles de bonne qualité reste l’obstacle principal dans la résolution d’un grand nombre de structures macromoléculaires par le RM.

Il existe une masse critique d’experts du RM mathématiciens, physiciens et biologistes dans des laboratoires du CNRS, des universités et d’autres organismes de recherche français qui sont prêts à collaborer pour concevoir de nouveaux algorithmes et développer des logiciels pour dépasser cet obstacle. Plusieurs propositions pratiques ont été formulées. Le projet collaboratif repose sur la construction de modèles de recherche à partir de structures peu homologues, par la technique des modes normaux ou par interpolation des positions des éléments de structure secondaire. Les calculs seront ensuite effectués grâce aux nouveaux algorithmes automatiques du logiciel AMoRe et les solutions seront trouvées par des techniques de clustérisation. L’approche sera également complétée par la visualisation de l’empilement moléculaire ce qui actuellement n’existe dans aucun système de RM. Afin de réaliser ce projet ambitieux, il est nécessaire de créer un lien très fort entre les différents partenaires. Cette tache sera remplie par un chercheur postdoctorant dont le travail sera géré par l’ensemble des experts mentionnés ci-dessus.

Ce projet aura également comme conséquence d’automatiser la résolution de structure par RM, ce qui aura des retombées internationales tout particulièrement dans le cadre des projets de Génomique Structurale.




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