IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

APPI 

Caractérisation d’interactions protéine-protéine chez Arabidopsis thaliana via une approche prédictive basée sur l’organisation structurale et topologique des gènes

http://www.evry.inra.fr/public/projects/bioinfo/ACI_fr.html

Coordinateur

Sébastien Aubourg

 

Unité de Recherche en Génomique Végétale

 

poster

Objectifs initiaux

Il a été montré chez les procaryotes, et depuis peu chez certains eucaryotes supérieurs, que l’organisation des gènes est orientée par une pression de sélection liée à leur fonction. Chez les plantes, des cas isolés de relations évolutives ou fonctionnelles entre gènes en tandem ou fusionnés ont été observés mais les hypothèses qui pourraient en découler nécessitent une approche à l’échelle d’un génome.

La première partie du projet de recherche consiste donc à rechercher exhaustivement les conservations strictes de regroupements de gènes et les gènes composites présents dans le génome modèle de la plante Arabidopsis thaliana. Les résultats obtenus permettront d’identifier un certains nombres de gènes candidats dont les produits de leur expression sont susceptibles d’interagir directement. Ces résultats seront également confrontés à des données de type transcriptome et des recherches de régions synténiques seront réalisées pour renforcer la qualité des prédictions des couples de gènes candidats.

Cette prospection bioinformatique sera alors complétée lors d’une seconde étape par des tests expérimentaux visant à confirmer ou infirmer les interactions protéine-protéine proposées. La combinaison de ces approches informatiques et moléculaires permettra d’aborder efficacement l’interactome d’une plante modèle sans a priori sur la fonction des gènes. L’objectif final est donc de proposer un nombre significatif d’interactions protéine-protéine vérifiées et de mieux comprendre la dynamique des génomes végétaux et la co-évolution des gènes fonctionnellement liés.



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