IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

EVOLREP

Impact et évolution des répétitions dans les génomes : interactions entre innovation génétique et fonction biochimique

http://wwwabi.snv.jussieu.fr/evolrep

 

Coordinateur

Atelier Bioinformatique

UFR 927, Université Pierre et Marie Curie, Paris

Equipes partenaires :        
Equipe 1



Unité Génétique des Génomes Bactériens



URA CNRS 2171, Institut Pasteur

Equipe 2

Equipe Structure et Dynamique du Génome

Institut Jacques Monod, UMR CNRS 7592

Equipe 3

Equipe Helix

INRIA Rhône-Alpes

Equipe 4

Equipe Adage

Laboratoire d'Informatique de Paris Nord, UMR CNRS 7030, Université Paris XIII

Equipe 5

Equipe Contrôle de l’Expression Génique

Laboratoire Adaptation et Pathogénie des Microorganismes, (CNRS UMR 5163), Université Joseph Fourier, Grenoble

 

poster

Objectifs initiaux

Les duplications nucléiques sont typiquement créées par des événements de recombinaison au niveau de l'ADN et sont sources de remaniements des génomes. Ce projet a pour ambition l'étude intégrée des duplications intra-géniques dans les génomes des micro-organismes complètements séquencés (archeae, bactéries et levures) aux trois niveaux de description que sont les séquences nucléiques, protéiques et les structures 3D des protéines.

Du point de vue algorithmique, une des idées directrices est de considérer, pour chaque type de méthode explorée (par exemple algorithme de recherche de motifs flexibles répétés), différentes représentations correspondant aux trois niveaux de description, de manière à garder autant que possible les méthodes de recherche de duplications en invariant et à ne faire varier que la représentation.

Nous utiliserons ces méthodes dans le but d’analyser les interactions que ces duplications intra-géniques peuvent avoir aux trois niveaux de description précités, et d’explorer l’impact éventuel de ces interactions sur leur évolution.

Deux équipes de biologistes expérimentaliste testeront les hypothèses induites par la bioinformatique en ce qui concerne la recombinaison et l'évolution des duplications.

Ce projet recouvre donc deux des cinq axes définis comme prioritaires dans l'ACI IMPBio :

(i) Structure des génomes / génomique comparative (et évolutive) : les études sur les duplications nucléiques ont des implications directes dans la compréhension de la structure des génomes, et l’étude comparative de ces duplications sur des génomes proches peut fournir une explication historique nécessaire à l’étude des mécanismes impliqués dans la dynamique du génome.

(ii) Etude structurale, dynamique et fonctionnelle des molécules du vivant : la compréhension de la relation entre les duplications de l'ADN et la structure (primaire et tertiaire) des protéines permettra d'avancer dans le domaine de l'étude des relations entre séquences nucléiques et structure/fonction des protéines.

Nous espérons mettre à la disposition de la communauté un ensemble intégré des programmes et méthodes développées, incluant les résultats obtenus, dans le cadre de ce projet.




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