IMPBIO

ACI IMPBio - Projet soutenu en 2003 et 2006


 

PBIL-EXTENSION

http://pbil.ibcp.fr/html/pbil-ext-impbio85.html

 

Coordinateur

Christophe Combet

Institut de Biologie et Chimie des Protéines - UMR 5086 - CNRS/UCBL

Equipes partenaires :

Responsable équipe 1



Manolo Gouy



Laboratoire de Biométrie, Biologie Evolutive – UMR 5558 - CNRS/UCBL

Responsable équipe 2

Vincent Laudet

Laboratoire de Biologie Moléculaire et Cellulaire - UMR 5665 - CNRS/ENSL

 

poster

Objectifs initiaux

Le Pôle BioinInformatique Lyonnais (PBIL, http://pbil.univ-lyon1.fr) réunit les équipes Bioinformatique et RMN Structurales (IBCP-CNRS-UMR 5086) et Bioinformatique et Génomique Evolutive (BBE-CNRS-UMR 5558).

Le PBIL propose à la communauté des biologistes, à travers son serveur Web, un accès intégré à un vaste ensemble de bases de données de bioséquences (e.g., EMBL, SWISS-PROT, PDB, Hovergen, etc.), à deux systèmes d’extraction par mots clefs de ces données (ACNUC et SRS) et à un très grand nombre de méthodes d’analyses (e.g., RecSta, SIM4, BLAST, Clustal W, InterPro, etc.).

Le PBIL se situe dans un contexte de très forte compétition internationale. Néanmoins, le PBIL a obtenu une reconnaissance internationale qui se manifeste par exemple par le grand nombre de calculs effectués par le serveur d’analyse de séquencesprotéiques NPS@ (3478/jour depuis janvier 2003) et de requêtes dans les bases proposées par le PBIL (? 6700/jour), par les références croisées entre la base SWISS-PROT développée à l’Institut Suisse de BioInformatique et la base Hobacgen développée par le PBIL, ou encore par les nombreuses publications scientifiques dans des journaux internationaux (e.g., Bioinformatics, TIBS, NAR, etc.).

Le PBIL collabore aussi avec d’autres équipes sur divers projets bioinformatiques comme c’est le cas pour la base des récepteurs nucléaires NuReBase développée par l’équipe Structure et Evolution des Récepteurs Nucléaires d’Hormones (LBMC-CNRS-UMR5665) qui est associée à ce projet.

Le présent projet, PBIL-EXTENSION, a pour objectif l’amélioration et l’extension des services proposés aux utilisateurs par le PBIL afin d’accroître davantage sa reconnaissance internationale. Dans ce but, trois axes ont été retenus :

1) Déploiement du serveur d’analyse de séquences de protéines NPS@ (http://npsa-pbil.ibcp.fr) sur une architecture distribuée de type cluster de calcul et addition d’un système de gestion d’espace virtuel de travail pour les utilisateurs.

2) Déploiement d’un système client/serveur extensible et portable de phylogénie moléculaire et développement d’une interface entre les outils d’analyse statistique de l’environnement R et les données de séquences.

3) Extension de la banque NuReBase de séquences de récepteurs nucléaires à des données hétérogènes : patrons d'expression des données SAGE et biopuces. Y seront également intégrés des outils permettant la gestion efficace de cette diversité croissante et la navigation entre les différents types de données.



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